Разместите свой проект бесплатно и начните получать предложения от фрилансеров-исполнителей уже спустя минуты после публикации!
1200 ₴

Нейронная сеть на Python. Предсказание вторичной структуры белка.



Приложения 2

Просмотр приложений доступен только зарегистрированным пользователям.

Отзыв заказчика о сотрудничестве с фрилансером

Качество
Профессионализм
Стоимость
Контактность
Сроки

Работа выполнена хорошо и в срок.

Отзыв фрилансера о сотрудничестве с Анной Аминской

Оплата
Постановка задачи
Четкость требований
Контактность

Отличный заказчик, будем в дальнейшем продолжать сотрудничество!

Профиль заблокирован | Сейф Сейф


  1.  фрилансер больше не работает на сервисе
  2.  фрилансер больше не работает на сервисе
  3. 444    8  0
    3 дня1000 ₴

    Здравствуйте, имеется опыт в создании нейронных сетей. Готов обсудить все детали.

  4. 3095    75  0
    14 дней2500 ₴

    Добрый день,

    Интересный проект, я правильно понял, что Вас интересует создание модели нейронной сети той архитектуры, которая расписана в файле?
    В каком виде предполагается видеть результаты анализа: Jupyter Notebook, консоль или полноценное приложение с графическим интерфейсом?
    Какие дополнительные действия необходимо проводить после получения прогноза вторичной структуры (проверка на сайте или что-то подобное)?

    Буду рад Вам помочь!

  5. 241    3  0
    1 день2000 ₽

    Здравствуйте.

    Могу предложить вам со мной поработать - сделаем все три формы. Можно просто буковки вывести, можно сделать по стандарту SMILES. (Хотя вам это не надо).

  6.  фрилансер больше не работает на сервисе
  7.  фрилансер больше не работает на сервисе
  • Sergiy Isakov
    3 марта 2020 |

    Привет

    Есть вопросы:

    1 - что, собственно, Вы хотите получить в конечном итоге? Кодировщик\декодировщик, нейросеть (для чего?) или что-то другое?

    2 -  если я правильно понимаю то, что дано в презентации:

    "Формализация задачи: 

    P = a1, . . . , an, где ai ∈ A, A — множество аминокислот. 

    S = s1, s2, . . . , sn, где si ∈ {H,E, C}: H = α helix E = β sheets C = coil. 

    Input: X = {P1, . . . , Pn}. 

    Output: Y = {S1, S2, . . . , Sn} ⇒ задача классификации. "

    то:

    - сколько всего аминокислот 21 или нет?

    - длина вектора Р постоянная или нет и в каких пределах?

    - длина вектора S на выходе? Задается изначально или нет? В каких пределах?

    3 - какие тренировочные и тестовые наборы (т.е. датасеты, в которых есть как входные вектора Р, так и соответствующие им выходные вектора S) у Вас есть или их можно где-то скачать? В каких они форматах?

    После ответов, могут появиться дополнительные вопросы

    Сергей

  • Анна Аминская
    6 марта 2020 |

    1. В конечном итоге я хочу получить программу на питоне (нейронную сеть).

    2. В презентации приведен пример, можно реализовывать задачу как угодно.

    Белок кодируют в основном 20 аминокислот, всего их 26.

    То, что получается на выходе - это, собственно, цель работы. Вектор S  не задается изначально, а наша задача его получить и сравнить с ответом. 

    Данные находятся в открытом доступе, также есть сайты, реализующие аналогичную задачу. Можно сравнить на них. 

  • Сергей Никонов
    5 марта 2020 |

    Доброе утро.

    Есть довольно много программ для предсказания вторичной структуры.

    Зачем создавать еще одну? На каких данных предполагается обучение?

    Что вы ожидаете на выходе?

    Сроки?


    Сергей

  • Анна Аминская
    6 марта 2020 |

    Здравствуйте! Данные есть в свободном доступе, могу кинуть ссылку. Зачем еще одну создавать? Хороший вопрос, но это мое учебное задание 🙂

    Ну результат можно оформить по разному, главное чтобы было понятно где какая структура.
    Сроки числа до 25, хорошо бы закончить.

  • Сергей Никонов
    6 марта 2020 |

    - учебное задание 

    Принято.


    -  до 25 

    Не на вчера, уже хорошо.

    Я на выходных постараюсь почитать/подумать над тем, что вы приложили и пр.

    А вы подумайте над предполагаемым бюджетом.


    Сергей

  • Анна Аминская
    6 марта 2020 |

    Хорошо, как закончите дайте знать.